Está a unos 80 km de El Calafate, en el sudoeste de Argentina, en la región de la Patagonia. Se puede llegar en avión hasta El Calafate y luego por tierra hasta el glaciar, o alternando etapas de navegación en el recorrido.
El ferry de Navimag hace el recorrido desde Puerto Montt a Puerto Natales y desde Puerto Natales hacia Puerto Montt, en un viaje con hermosos paisajes de la Patagonia. Llegando a Puerto Natales se puede llegar al glaciar pasando por El Calafate.
Hay distintos pasos fronterizos: el Paso Doretea (que está a 27 kms por la Ruta CH - 250), Casas Viejas (a 14 kms de la ciudad de Puerto Natales), Río Don Guillermo (a 200 kms de la ciudad de Cerro Castillo) y Cancha Carrera (abierto de diciembre a marzo).
En Temporada Alta, los zarpes desde Puerto Montt son los días viernes y desde Puerto Natales, los días martes durante todo el año.
(Desde Puerto Natales a Perito Moreno o desde Perito Moreno hacia Puerto Natales deberá trasladarse por su cuenta, Navimag sólo ofrece los traslados en ferry de la rutas mencionadas)
