Está a unos 80 km de El Calafate, en el sudoeste de Argentina, en la región de la Patagonia. Se puede llegar en avión hasta El Calafate y luego por tierra hasta el glaciar, o alternando etapas de navegación en el recorrido.
El ferry de Navimag hace el recorrido desde Puerto Montt a Puerto Natales y desde Puerto Natales hacia Puerto Montt, en un viaje con hermosos paisajes de la Patagonia. Llegando a Puerto Natales se puede llegar al glaciar pasando por El Calafate.
Los zarpes desde Puerto Montt son los días viernes y desde Puerto Natales los días martes durante todo el año.
(Desde Puerto Natales a Perito Moreno o desde Perito Moreno hacia Puerto Natales deberá trasladarse por su cuenta, Navimag sólo ofrece los traslados en ferry de la rutas mencionadas)